В прежние времена уникальная замкнутость бассейна Аральского моря способствовало развитию здесь такого богатства и разнообразию биоты, которую можно было сравнить с Африкой. Приаралье обладало половиной всех имевшихся на территории бывшего Союза биологических видов, большая часть которых исчезла или находится на грани исчезновения. В регионе насчитывалось 500 видов птиц, 200 видов млекопитающих и 100 видов рыб. Среду обитания региона составляло большое количество насекомых и беспозвоночных.
До 1960г. в дельтах рек обитало более 70 видов млекопитающих и 319 видов птиц.
В низовьях Сырдарьи более 100 тыс. га аллювиальных почв стали солончаками, более 500 тыс. га болотных и лугово-болотных почв обсохло. Это привело к видоизменению и гибели 5-7 видов трав, необходимых для овец, коз, лошадей и верблюдов. Начались падеж и заболеваемость скота, исчезло ондатроводство, резко упало поголовье овец.
Флора региона была столь же впечатляющая: 1200 видов цветковых растений и 560 видов растительности тугайных лесов, включая 29 эндемиков Центральной Азии.
Флора побережья Аральского моря представлена 423 видами растений, относящихся к 44 семействам и 180 родам.
Наиболее высоко видовое разнообразие растительности песков, которое сосредоточено на бывших островах восточного побережья.
Результатом изменения водного баланса рек и вызванного этим роста минерализации воды в бассейне Арала явилась утеря уникальных биоценозов и ряда эндемичных видов животных.
Уменьшение притока воды в Арал привело к необратимым изменениям гидрологического и гидрохимического режимов моря и его экосистем. Изменения в солевом балансе утроили соленость моря, превратив его в биологическую пустыню, а изменение солевого состава Аральского моря, утрата биоты повлекли за собой спад рыболовной и перерабатывающей промышленности.