Программа бассейна Аральского море (ПБАМ-2). «Программа конкретных действий по улучшению экологической и социально-экономической обстановки в бассейне Аральского моря на период 2003-2010гг.» была утверждена Правлением МФСА 28 августа 2003 года.
Программа включала 14 приоритетных направления и 57 проектных предложений, объединенных в четыре блока: водохозяйственный, социально-экономический, экологический и мониторинг окружающей среды. Она содержала как региональные, так и национальные проекты и состояла из мягких и твердых компонентов.
Разработка ПБАМ-2 осуществлялась Исполкомом МФСА совместно с МКВК и МКУР при участии министерств и ведомств региона и широком вовлечении международных организаций, донорского сообщества и общественности. Поддержку в ее подготовке оказали Швейцарский Офис по Сотрудничеству, Европейский Союз, ОБСЕ и ЮСАИД.
В рамках ПБАМ-2 были реализованы множество проектов, направленных на улучшение социального положения населения региона, решение сложных водохозяйственных проблем, восстановление экологических систем и мониторинг окружающей среды. Большое внимание при этом уделялось обеспечению населения чистой питьевой водой, улучшению состояния здравоохранения и образования, восстановлению нарушенной экологии, созданию локальных водоемов в дельтах рек Амударьи и Сырдарьи, освоению осушенного дна и восстановлению северной части Аральского моря. Значительные усилия также были направлены на содействие устойчивому управлению природными ресурсами и укрепление регионального сотрудничества.
Усилиями структурных подразделений МФСА были привлечены около 20 миллионов долларов США, которые были направлены на реализацию более 20 различных проектов и программ по улучшению экологической и социально-экономической обстановки региона.
Свою поддержку реализации Программы оказали ПРООН, Всемирный банк, Азиатский банк реконструкции и развития, Агентство по развитию США, а также правительства Швейцарии, Японии, Финляндии, Норвегии и др.
Общий вклад самих стран Центрально-азиатского региона в реализацию мероприятий за период с 2002 по 2010 год составил более 2 млрд. долларов США.