МФСА и его исполнительные органы выполняют широкий круг задач, включая финансирование и кредитование совместных межгосударственных экологических и научно-практических программ и проектов, финансирование
совместных фундаментальных и прикладных исследований, научно-технических разработок, создание и обеспечение функционирования межгосударственной экологической системы мониторинга, банка данных и других систем о состоянии окружающей природной среды бассейна Аральского моря.