Совет Глав государств — учредителей МФСА по проблемам бассейна Аральского моря является высшим органом МФСА.
Совет Глав государств вырабатывает и рекомендует политику по приведению производственных сил региона в соответствие с его природно-ресурсным потенциалом, рекомендует к утверждению межгосударственные правовые и нормативные акты, общие для всех государств региона принципы управления, использования и охраны водных ресурсов, регулирует межгосударственные отношения в области водохозяйственной и природоохранной деятельности.
Заседания Совета Глав государств учредителей МФСА (Саммиты МФСА) проводятся раз в период председательства каждой из государств -учредителей Фонда и в их рамках принимаются решения по самым важным вопросам региональной повестки в области водных ресурсов, охраны окружающей среды и улучшения социально-экономической обстановки в бассейне Аральского моря.
Саммиты МФСА также предоставляют странам Центральной Азии уникальную платформу для регулярного политического диалога на высшем уровне по водохозяйственным и экологическим вопросам, и, таким образом, объединения совместных усилий для дальнейшего процветания и достижения устойчивого развития в регионе.
За время деятельности МФСА было проведено 11 заседаний Глав государств –учредителей МФСА:
Заседание Совета Глав государств — учредителей МФСА, 5 сентября 1995 года, город Нукус, Республика Узбекистан
Заседание Совета Глав государств — учредителей МФСА, 28 сентября 1997 года, город Алматы, Республика Казахстан
Заседание Совета Глав государств — учредителей МФСА, 9 апреля 1999 года, город Ашгабад, Туркменистан
Заседание Совета Глав государств — учредителей МФСА,28 декабря 2001 года, город Ташкент, Республика Узбекистан
Заседание Совета Глав государств — учредителей МФСА, 6 октября 2002 года, город Душанбе, Республика Таджикистан
Заседание Совета Глав государств — учредителей МФСА, 28 апреля 2009 года, город Алматы, Республика Казахстан
Заседание Совета Глав государств — учредителей МФСА, 28 апреля 2009 года, город Алматы, Республика Казахстан
Заседание Глав государств — учредителей МФСА, 24 август 2018 года, город Туркменбаши, Туркменистан
Заседание Совета Глав государств — учредителей МФСА, 14-15 сентября 2023 года, город Душанбе, Республика Таджикистан