Межгосударственная координационная водохозяйственная комиссия (МКВК) была создана в соответствии с Соглашением между государствами Центральной Азии «О сотрудничестве в сфере совместного управления использованием и охраной водных ресурсов межгосударственных источников» в 1992 году. МКВК является региональным органом МФСА по совместному решению вопросов управления, рационального использования и охраны водных ресурсов межгосударственных источников в бассейне Аральского моря. В состав МКВК входят руководители водохозяйственных органов государств-учредителей.
Исполнительными органами МКВК являются:
— Секретариат МКВК;
— Бассейновая водохозяйственная организация «Амударья»;
— Бассейновая водохозяйственная организация «Сырдарья».
— Научно-информационный центр МКВК;
— Координационный метрологический центр (КМЦ) с национальными организациями;
— Тренинговый центр (ТЦ) с филиалами