МФСА был создан 1993 году Главами государств Центральной Азии с целью преодоления экологического кризиса и улучшения социально-экономического положения в бассейне Аральского моря, признанного мировым сообществом одной из крупнейших катастроф XX века. Главы государств Центральной Азии в 1993 году создали Международный Фонд спасения Арала (МФСА) и утвердили Положение о МФСА.
В феврале 1997 года Главами государств принята принципиальная схема управления МФСА, в соответствии с которой в состав МФСА входит Ревизионная Комиссия, Правление, Исполком, МКУР и МКВК.
Основными задачами МФСА является:
— финансирование и кредитование совместных межгосударственных экологических и научно-практических программ и проектов, направленных на спасение Аральского моря и оздоровление экологической обстановки в районах, подвергшихся влиянию Аральской катастрофы, а также решение общих социально-экологических проблем региона;
— финансирование совместных фундаментальных и прикладных исследований, научно-технических разработок по восстановлению экологического равновесия, рациональному использованию природных ресурсов и охране окружающей среды;
— создание и обеспечение функционирования межгосударственной экологической системы мониторинга, банка данных и других систем о состоянии окружающей природной среды Аральского бассейна;
— мобилизация средств на проведение совместных мероприятий по охране воздушного бассейна, водных и земельных ресурсов, растительного и животного мира;
— финансирование совместных научно-технических проектов и разработок по управлению трансграничными внутренними водами;
— участие в реализации международных программ и проектов по спасению Арала и экологическому оздоровлению Аральского бассейна.